農村供水工程的管理主體和工程產權密切相關。過去老的農村供水工程投融資和建管體制決定了絕大部分工程的管理主體為政府部門，一些規模較小的供水工程由農業用水合作組織等社會團體代為管理，農村供水工程相關PPP項目的管理主體則隨著工程產權的轉變而發生變化。隨著小型水利工程產權改革的不斷推進，工程的管理主體也將發生變化。一是工程產權轉移導致工程管理主體的改變。二是工程產權不變，但管理主體發生變化，如政府部門通過購買第三方服務對相關農村供水工程進行統一管理，如委托農村集體經濟組織、農民用水合作組織和其他社會團體等第三方，或者以水投公司為主的社會資本進行管理等。我們認為，未來隨著農村供水工程收益能力不斷提高，第三方作為管理主體參與工程管理將成為主流。

小型水利工程產權制度改革以及農村供水水價的改革為社會資本或社會團體進入農村供水領域，采用市場化經營和管理模式創造了前提條件。對于大規模的農村供水存量工程，包括經營到期產權移交給政府的相關PPP項目，可以考慮將工程產權和經營權分離，以縣域為單元，引入社會資本或社會團體等第三方，通過政府購買公共服務的方式開展農村供水工程標準化或物業化管理；對于少量的新建工程，依據工程產權由投資主體自行管理或加入存量項目管理范圍，統一進行市場化管理。

農村供水工程長效良性運行是保障農村居民飲水安全的重要基礎。供水單位自身要做好工程日常的水質監測、維修養護、人員培訓、應急預案、信息匯總報送、收繳水費等工作。而未來政府部門的核心功能是對農村供水工程運營期的全過程監督管理。包括依法依規對供水單位長期履行供水責任，保證供水水質安全，出現供水水源污染、工程遭受破壞或其他突發事件的應急管理，用水單位和個人按時繳納水費進行的行政監督以及協調解決可能存在的供用水雙方糾紛等。同時，進一步加強宣傳，充分利用社會團體和個人開展社會監督。行政監管和社會監督雙管齊下，保障農村供水工程的長效運行。